Première détection de la clavelée dans des os archéologiques et premier séquençage du génome ancien du virus

Les épizooties ont constitué une menace majeure pour la sécurité alimentaire, la stabilité économique et le bien-être animal dans les sociétés passées. Si ces événements et leurs conséquences sont bien documentés dans les archives historiques, on ne connaît que très peu d’exemples archéologiques, et aucun jusqu’ici, ayant permis d’identifier la cause des décès de manière fiable. 

Le site de Louvres et l’énigme des squelettes

En 2012, sur le site de la ferme historique du Bouteiller à Louvres, au nord de Paris, les archéologues mettent au jour les squelettes complets de neuf moutons dans une fosse commune datée d’entre les XVII^e et XIX^e siècles. Il s’agit principalement d’individus âgés, des deux sexes, non consommés mais présentant des traces d’écorchement. Une enquête archéologique et paléopathologique approfondie est menée à l’époque, mais aucune hypothèse précise sur la cause de leur décès n’est finalement identifiée, si ce n’est celle d’une probable épizootie.

La cause d’une épizootie résolue grâce à une enquête interdisciplinaire

Une équipe scientifique internationale, composée de spécialistes en paléogénétique, archéozoologie, sciences historiques et vétérinaires, décide alors de percer ce mystère. « Ce fut une véritable enquête interdisciplinaire », explique Annelise Binois-Roman, maîtresse de conférences en archéozoologie à l’université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, membre du laboratoire ArScAn, et première auteure de la publication. « Les données archéologiques laissaient supposer un épisode de mortalité massive, mais ce n'est qu'en combinant plusieurs sources de données que nous avons pu identifier la maladie en cause ».

Les scientifiques percent le mystère lorsque du matériel génétique prélevé dans les dents des moutons révèle la présence du virus de la clavelée, une maladie dévastatrice pour le bétail qui a autrefois menacé les économies rurales à travers toute l’Europe. L’équipe réussit à reconstituer des génomes viraux anciens de plusieurs des moutons, démontrant qu’ils avaient été infectés par la même souche lors d’une seule et même épidémie. 

Reconstituer le paléogénome de la clavelée pour éclairer son histoire évolutive 

Une analyse phylogénétique comparant ces génomes reconstitués — les premiers jamais extraits de matériel archéologique — à la diversité actuelle de la clavelée, a montré ensuite qu’ils correspondaient à une origine historique, prémoderne de la maladie.

Les archives historiques indiquent que la clavelée était très répandue dans le nord de la France entre les XVII^e et XIX^e siècles, période durant laquelle le commerce et les déplacements des moutons étaient intenses. Des épidémies répétées ont décimé les troupeaux, menaçant la production alimentaire, l’approvisionnement en laine et les moyens de subsistance des populations locales. Un contexte suffisamment grave pour inciter les autorités à adopter certaines des premières mesures règlementant les cas de maladie au sein d’élevage.

Une réglementation pas toujours respectée puisque les moutons de Louvres avaient été dépecés, avant d’être enterrés. Cette pratique était strictement interdite car les peaux infectées contribuent à propager davantage la maladie.

Comprendre la gestion d’épizooties passées pour contribuer à des problématiques actuelles

Ces résultats restent, à ce jour, les plus significatifs pour démontrer comment l’ADN ancien peut révéler les causes d’épidémies historiques chez les animaux. Ils mettent également en lumière l’impact des maladies animales sur les populations rurales passées. Enfin, ils soulignent le potentiel croissant de l’ADN ancien dans l’étude des épidémies passées et comment des perspectives à long terme peuvent éclairer les approches modernes de santé du bétail, de la surveillance des maladies et de la préparation aux épidémies.

Car bien que la clavelée ait été éradiquée de la majeure partie de l’Europe au XX^e siècle, elle reste encore présente ailleurs dans le monde. Et des maladies étroitement apparentées circulent toujours en Europe, comme l’épidémie de dermatose nodulaire contagieuse qui a touché la France en 2025.

ArScAn